1999年迫害開始後,李忠蘭和其他幾位法輪功學員一起去北京講明法輪功修煉的真實情況;在途中遭到惡警綁架,弄到北碚區水土派出所關押一天後,由單位接回洗腦並被抄家。李忠蘭所在單位保衛科趙文福、王知明、李四等人搶走她家中的法輪功書籍、相關資料、錄放機等私有物品。李忠蘭被強行洗腦一個月。
1999年11月,李忠蘭第二次去北京上訪時,被北京惡警綁架,隨後重慶「610」駐京辦與渝北和北碚區公安分局合謀,把她劫持到渝北區拘留所非法關押、折磨,渝北區公安分局局長李夢海還指使單位派人強迫她寫不學不煉法輪功的「保證書」。後來施壓其家人,家人擔心她被判刑,在被迫同意邪惡條件後將她接回家。
2000年,渝北區雙鳳派出所又將李忠蘭從家中綁架到渝北區洗腦班,被洗腦兩個月。在此期間,惡警不斷給她的丈夫(原焦化廠書記)施壓,使其在頂不住壓力時被迫離職。
2002年,李忠蘭去給同修送資料,在車上講真相時被人惡告,復興鎮派出所四個惡人開著警車將她從公共汽車上綁架到派出所,惡人強迫她說出資料來源,李忠蘭不配合,他們就用手銬將她銬在一個矮桌子上,不能站不能坐,只能半蹲著,同時還拳腳相加,將她的腳打得流血不止時又轉入一間更隱蔽的房間。當李忠蘭被折磨出現嚴重病態時就叫來醫生,接著惡人們急於要錄「口供」,遭到李忠蘭的抵制後就竄到她家中抄家,將她家中一些私人物品和法輪功資料搶走,還強逼家人簽字,惡警叫囂著至少要判她七、八年刑。當天半夜,李忠蘭走出了魔窟,從此過著流離失所的生活。
2005年10月6日,已流離失所三年多的李忠蘭,在重慶沙坪壩與六名同修交流心得時,被跟蹤的特務叫來公安全部綁架。「610」(專門迫害法輪功的非法機構)立即把六名法輪功學員分散各地關押,其中李忠蘭被關進渝北一碗水看守所,緊接著以渝北「610」頭目遊真鳳為首的一夥人對李忠蘭實施了一系列迫害,幾天後又將李忠蘭弄到南岸區南山農家樂輪番洗腦,以偽善方式誘其放棄修煉,未達目的後就原形畢露,用多種殘忍手段進行折磨,一星期後又氣急敗壞地把她關回看守所。
半月後歹徒們又將李忠蘭弄到北碚區療養院,八、九個惡徒每天對她的精神與肉體進行殘酷折磨,拳腳相加數次,在手、腳、全身多處青、紫、浮腫直至精神恍惚下,惡徒們還一連數天不讓她睡覺、不許上廁所、不准坐,還不順從就用開水潑。一個姓蘇的惡警吼叫:「就是要把你們法輪功經濟搞垮、精神搞沒、肉體消滅,打死算自殺……」
儘管這樣,李忠蘭仍善意地向他們講真相。當屋裏就她一人時,她就向屋外走,被歹徒們追趕,從二樓掉下底層的亂石中,全身多處重傷,下顎粉碎性骨折,頭內骨骨折,牙齒所剩無幾,口腔內向下巴外穿出明洞等,在北碚九醫院做了七個多小時的手術。剛被醫院包扎完就被歹徒們弄回療養院繼續折磨,三天後剛能站立,在口腔無法張開進食,靠針管輸奶維繫生命的情況下,他們又故伎重演,不讓睡、不讓坐、動輒暴打。最後還是達不到目的就將她關回看守所。
當李忠蘭進監室的那一刻,全室十幾名被關押人員都驚呆了,隨即也全都哭了,有的說:怎麼好好的一個人弄出去幾天就面目全非了,我們都認不出來了,真是太黑暗了。在不能正常進食、耳朵聽不見、說不出話、生活不能自理、每天就像一個痴呆兒一樣的情況下,全靠監舍明真相的被關押人員的細心照顧,李忠蘭漸漸地好轉。
2006年8月4日,在「610」的指使下,渝北區法院將李忠蘭非法判刑四年,同年8月31日被綁架到重慶永川女子監獄。她70多歲的母親接受不了親人被迫害的殘酷事實病倒了,不久離開了人世。
監獄與「610」互相勾結,耍出種種手段逼迫她放棄修煉法輪功,在使盡邪惡招數仍不達目的情況下,就向她的家人及丈夫施壓。頂不住巨大壓力的丈夫要與她離婚,惡警強迫李忠蘭在離婚書上簽了字。接下來獄方系統無休止地對她進行洗腦、精神折磨、肉體摧殘,其邪惡手段無不面面俱到。